if Input.keys(:gamepad).empty? begin
end

透過は元画像にαプレーンを埋め込むのが楽ちん。
どうしても元に埋め込めないなら
pal=chara.pallette.dup
pal[foo].alpha=0 //fooは変えたいパレット番号
chara.change_palette!(pal)