>>289
シナリオファイルは
[image storage="教室" page="fore" layer="base"]
test[p][er]
だけなので関係はないかと。
config.tjsで関係ありそうなところが
//-------------------------------------------- メッセージレイヤの設定 -----

function MessageLayer_config()
{
// ◆ メッセージレイヤの表示モード
;layerType = ltAddAlpha;

// ◆ メッセージ枠用の画像
;frameGraphic = "messageframe"; // position タグの frame 属性に相当

// ◆ メッセージレイヤの色と不透明度
;frameColor = 0x000000; // position タグの color 属性に相当
;frameOpacity = 0; // position タグの opacity 属性に相当

説明削りましたが上の部分くらいでしょうか。
フレーム枠画像にcolorやopacitiyは効果ないそうですが。


>>290
メッセージ枠画像では合成モードも不透過率の指定もできないみたいです。

>>291
画像ソフトは本当に使い方がよくわからないので、素材の作成段階で失敗している可能性は大いにあると思いますし、私もそれを疑っています。
windows付属のペイントだと透過画像が作れないので意味はないかと。