皆色々方法書いてくれてありがとう！

俺が塗るときはいつも
・完成予想サイズの4倍のピクセルサイズの線画を用意する
・線を黒、地を白のみで線画を完全に2色にする
・パーツ毎に色を流し込み、透過させる部分を消す
・影やハイライトをつける
・レイヤーを統合させて縮小

の流れでやってる
大きい画像を渡してもらえる場合はこれで大丈夫だと思ってるんだけど
セカイ系みたいにＰＳＤのサイズが小さい場合はやっぱり拡大してちまちまつぶすしかないのか…