仕切り直しをするとのことだけど、現状のオープニングの流れでも
ネットの役目を各世界を旅することから、各世界の主人公を召喚することに変更すればいけるんじゃないかな。

たとえば、異世界Aの扉を開くと、ネットの世界とは完全に別物の>>199案ゲームが始まり
これをクリアすると、ネットの世界に戻り>>199案ゲームの主人公が召喚されので説得開始、そして見事仲間に。
こんな感じで仲間を増やしていき、全ての、もしくは一定数の世界をクリアすると
ラスボスがいる世界への扉が開かれるので、いざ最終編へ、みたいな感じにするのはどうだろうか？
ただ、これだと最終編でネットがいらない子になるので、そこら辺は要工夫。

あと、昨日聞くの忘れたんだけど
なんでポータルは、バトラーグラフィックで剣を持ってて
「剣は得意なんです」なんてセリフまで吐いてんのに、実際に装備してるのは『槍』なん？
重箱の隅を突付くようで申し訳ないが、すげぇ気になった。