「1.個人的利用について」ではなく「2.WEBで公開される場合」が適用になる。
1だと「不特定多数の方が見る事が無いという前提であれば、特に問題はありません。」だよ。
どこの誰が何人DLするか判らない＝不特定多数が見る、という事だと思うんだが。

2だと「原則加工前提」であり、恐らくは「加工したものを使う」＝「二次利用」という意味であって
つまるところ「WEBで公開するなら加工せよ、ただし加工については建物が写り込んだ
写真の利用を禁止する」と自分は解釈した。
ただし「二次利用」という言葉を、このサイトの管理人がどういう意味で使っているのかは
問い合わせてみなければ正確には判らない。

使用予定の寺がOKを出しても、このサイトの管理人がNGだというならそれはNGなわけで。