>>921
透過色を指定するのではなく、ポリゴン単位で半透明を指定するようだ。
devkitPro付属のサンプル中の
devkitPro\examples\nds\Graphics\3D\nehe\lesson08\source\main.cpp
を参考にしたら？

glEnable(GL_BLEND);
で機能をONにして、

ポリゴンの設定前に
glPolyFmt(POLY_ALPHA(15) | POLY_CULL_BACK | POLY_FORMAT_LIGHT0);
を実行しておくことでよいと思う。
もちろん、半透明でないポリゴンは
glPolyFmt(POLY_ALPHA(31) | POLY_CULL_NONE | POLY_FORMAT_LIGHT0);
などのようにする必要があると思う。

設定値は
http://nocash.emubase.de/gbatek.htm#ds3dpolygonattributes
を参考に。