Direct3Dはテクスチャの切り替えとDraw系関数のコールがびっくりするくらい遅いので、
板ポリゴンはなるべくひとつの頂点配列に溜め込み、
テクスチャはなるべく一枚のテクスチャに詰め込み座標ずらしで対処して、
Draw系関数のコールとテクスチャの切り替えを少なくすればそれなりに改善されると思うよ。
まぁ1000回程度ではそこまでガタ落ちしないから、他にも問題抱えてそうだけど・・・。

パフォーマンスまわりの話は文面だけだと話しが拗れがちだから、
こーゆーとこで質問するよりプロファイラの読み方覚えた方が良いかと。