・序盤(FC版は最初から4人、DS版は徐々に仲間になる)
・最初のジョブがすっぴん(FC版はたまねぎ剣士)
・ジョブシステム(キャパシティがなくなったり、ジョブのそれぞれの特性が大分変わった※魔法使用回数など)
・敵関係(敵のHPや攻撃方法など)
・アイテム関係(増えた、一部攻撃力や防御力が変わったものもある。)
・隠しダンジョン追加
・モグネット追加
・裏技(アイテム変更、一気にレベル９９がなくなってアイテム増殖になった)
(？)・ダメージ計算式

大まかな違いです
ベースは初期FF3で
作りませんか？