kag.close()の代わりにcloseを使用した所、解決しました。

なお吉里吉里に付属のマニュアルに下記のように書かれていました。

> kag.close と kag.shutdown
> 　kag.close は、KAG を終了させます。終了確認を行う設定にしている場合は終了確認があります。
> 　kag.shutdown も KAG を終了させますが、終了確認はありません。
> 　なお、終了に System.exit() を使用すると、システム変数が保存されずに終了される場合があるので使用しないでください。また、これらは eval タグの exp 属性では指定しないでください (代わりに close タグを使用してください)。

お手数をおかけしました。