最近は知らんが、キャプチャーしたデータにはノイズが入ってそのままでは使えないから
オペレータとかに修正を依頼するのが普通だったね。
その時に、出力形式とか決めたり、適用するモデルのスケルトンを渡したり。

出来上がったデータは普通に使ったらいいじゃん。

何より、モーションキャプチャーしてる会社に聞いてみたほうが早いよ。