＞後、１日目夕方の幼馴染と他校生ちゃんが顔見知りになるのはフラグ関係なく確定で良いかと

これについても同様。会話の選択肢次第でそれぞれの好感度が変わるのが良いでしょう。

＞また、こういう修羅場がない方のルート通った場合、エンディングが酷く
＞味気なくなってしまいますしね

なるほど。話の肝というわけですね。対決イベントは強制にしましょうか。

以上の点はまた修正しておきますが、飽くまで僕がうｐしたフローチャートは
試作品に過ぎないと僕は思っています。
◆YQpJJ/ljLoさん自身の意見を取り入れてこそシナリオの書き甲斐もあるでしょうし、
場合によっては彼が一から作り直すのもありだと思います。
とりあえずこの辺で一度◆YQpJJ/ljLoさんのコメントが聞きたいところです。

あとこのフローチャートの編集ソフトは添付テキストに紹介してありますので、
ﾍﾟﾀﾍﾟﾀ ◆2R9MRWWh.gさんご自身も良かったら編集してみて下さい。
今まで使ってみたところ誤動作が多めですが。