＞描画するための手続きがシーングラフの各最小単位に分散してしまう

ないない。MTFrameworkだろうがその他のミドルウェアだろうがそれはない
各エンティティがグラフに入ってようが何であろうが自由だし
そのグラフ走査の順序でエンティティ更新処理が決定していようが

GPUに投げる情報の順序とは独立した、全く別の話