「変数の操作の設定」が間違ってたりとかは？
俺の場合だけど、「変数000の番号の変数」の欄に間違ってチェック入れてて、気づかなくて困った事ある。

あとは、ラベルの位置がおかしい、とか。

もしくは、単純だけど「キー入力の処理」で入力を許可するキーのとこにチェック入れ忘れてたりとか。