あと、閉塞区間の線路を削除して勾配にしたり
ルートを変更したりするとエラーが起きてしまいます…。　これは私の不注意か？

確か続行とか閉じるとか「詳細」とかのボタンがあったエラーだったようなきがします。
続行しても列車が動かなかったけど。