まぁスレ主の設定なら、
１）主人公は何故記憶を失ったのか？
・記憶を失う程のアクシデント、或いは陰謀に巻き込まれた主人公の過去。
・その事件事故、或いは陰謀の全容を設定することが世界観の構築に繋がる。
・また序盤で記憶を失っている事に意味のあるオチが後々必要になる。

記憶を失った主人公は、それを取り戻すべく行動を開始する
（間もなく新たな事件、陰謀に巻き込まれてもよいが）ハズ。その末に
２）記憶を取り戻した主人公は、何を成そうとするのか？
・記憶を失う以前に抱いていた目的に対する、新たな決意
（嘗て主人公が世界を滅ぼす側にいたなら、これからは防ごうとする決意。
　それを守る側にいたなら、新たな絆、価値観による、より強い決意等）。
・或いは主人公が新たな目的を得ていた場合、過去の目的との軋轢・苦悩・決断等。

そして
３）その結果、主人公はどうなるのか？
と考えていけば、大まかなストーリーが出来上がるんじゃない？
とにかく、ゲーム製作に直接関係無い細々した設定は、
後で（つか最後に）考えたほうがいい。
まず設定ありきで話し進めるとロクなことにならんし、
そもそもそんな事に時間割いてる余裕無いはずだ。