状態
会話*2、文章オプション変更、選択肢二択
選択肢でＹｅｓを選ぶと　会話オプション、会話、選択肢三択
三択のうち一つを選ぶと会話オプション、システムＢＧＭ変更の後戦闘になります。
戦闘は負けた場合独立して分岐、にチェックが入っていますし、負けた場合も全回復を最初に持ってきています。

原因かもしれない物としては、裏でコモンイベントを並列起動させています。
装備を変える→技変更の簡単なもので

条件分岐：○○が××を装備している
　　　　　Ｙｅｓ→△を覚える　Ｎｏ→△を忘れる

というものです。
コモンイベントのせいでしょうか？