みたまんまだよ。

VS_INPUT{略}のほうは、頂点シェーダで必要な情報を入れておく。
VS_OUTPUT{略}のほうは、ピクセルシェーダで必要な情報を入れておく。
VS_OUTPUTと考えるより、PS_INPUTと考えたほうがいいか？

最終的にピクセルシェーダでCOLOR属性のfloat4の値を出力すればいいわけ。
そのためにPS_INPUTにはピクセルシェーダで必要な情報を定義する。
んで、頂点シェーダはPS_INPUTの情報を埋めるように処理を書く。
そのためにVS_INPUTには頂点シェーダで必要な情報を定義する。

という感じ。