マニュアルから一部抜粋。

ルーム関連（ルームの移動の際）

First, in the current room (if any) all instances get a room-end event.
Next the non-persistent instances are removed (no destroy event is generated!).

訳：
まず、現在のルームの全てのインスタンスに対してroom-end eventが発生。
次に、non-persistentのインスタンスが削除される。（このとき、destroy eventは発生しない）

面倒だから他は省くけど、要はルーム移動の際に移動前のインスタンスは消されるってこと。
persistentじゃなければ、ね。

ちなみに全てのインスタンスを削除するには、with文を使ったらいいんじゃないかな。