そこで提案ですが、>767を煮詰めた物を１巡目にするのはどうでしょうか。
これによって世界の状況、各機関の役割などを説明・体験してもらい、
２巡目を選ぶと１巡目で仲間にしたバトルキャラを主人公として選べる。
※この時選択した以外のキャラは仲間になっていない状態に戻る。

スタート地点は拠点（リードにより連れてこられた状態）に置かれた状態で、
リードを仲間にして行動することも単独行動することもできる。
（問題の解決や絶望の種破壊は天使がいなくても可能なので、
希望の種の設置は後でリードに任せるということにする）

これにより違うキャラでシナリオを体験する選択式主人公の利点を生かせる他、
掛け合いの相手を天使以外（リリィなら猫、エミルなら３兄弟とか）にしたり、
キャラによって一貫したストーリーを持たせたり、キャラ作りをする際に
必ずしも拠点を発展させ、世界を巡らせる目的を設定する必要がなくなります。

製作側にも利点があり、そのキャラでの内容変更が難しい個所では
仲間にリード必須とすれば修正の必要がなくなり負担が減ります。
もちろん最初から複数から選べなければ選択式とは言えないなどの
拘りもあると思いますので、上記についての意見を聞かせてください。

主人公について提案も引き続き募集中です。