種だと根がはって大地のエネルギーを吸うとか、各地の産業に影響を及ぼしそうなイメージ。排除すると障害がとれて大地が自然回復して産業が回復、と。

卵は大地というより人の欲望や絶望などの負のエネルギーを吸うイメージなので産業には直接の影響がなさそう。取り除いてもストレートに産業回復につながらなそう。

あと卵だと孵化しないと落ち着かない。というか孵化前提の存在になると思うので
その辺どうするか・・。ある意味時限爆弾的意味も持ちそう。（孵化の時期を気にするとか）
今からそんなことまで考えるのかと思うと種のままのほうがよさげ。

拠点の発展や各地の回復っつーシステムが中心にあるからそれを生かす設定の方がいいと思うよ。種のほうが密接に産業と絡みそうと思うんだが・・・。
まあどっちもこじつければ産業も絡むし種も時限爆弾的存在にしようと思えばできるんだが。