kag.numCharacterLayers
kag.fore.layers.count

のそれぞれでコンソールから確認した限りでは
Config.tjsの設定はしっかり反映されてるっぽいが。
ちなみにConfig.tjsの適応の流れはこんな感じ。

Initialize.tjs から Config.tjs が呼び出される。
Config.tjsに記述された KAGWIndow_Config() 関数が読み込まれる。
--中略--

Initialize.tjs において KAGWindow オブジェクトが生成される。
KAGWindow コンストラクタ内において、

(KAGWindow_config incontextof this)();

が実行される。（自分自身をコンテキストに KAGWindow_config() を実行 ）
Config.tjs 内の諸変数名は KAGWindow オブジェクトの諸変数（フィールド）名に対応しているので
生成されるKAGWindow オブジェクトの諸変数が適切に設定される。