えっとですね、メニューにある「画面」や「終了」、「セーブしますか？」などのメッセージを変えたのですが、
バージョンアップをするとそれがデフォルトに戻ってしまうようなのです。
Config.tjsのように引き継ぎをするには、Override.tjsに記述しておけばいいそうなのですが。
メニューの並びのほうは、なんとかAfterInit.tjsに書きました。