>>256
基本的にhomebrewモノはそれぞれのアダプタ毎に対応する必要があるみたいです。
せめて起動シーケンスくらい統一してくれれば…と思うのはワガママなんでしょうね。

一応私が調べた範囲だと、
・M2もしくはアドムービー
ブートローダ無し。これだけファイル名は'_BOOT_MP.nds'固定。別途FINEやMoonShellなどのメニューローダーを使えばファイル名は可変。
・SuperCardCF/SD（たぶんMiniSDもMicroSDも同じ）
フラッシュカートと同じタイプのブートローダが必要。ndstoolや色々なヘルパーアプリがある。
・M3CF/SD/MiniSD
ROM開始時にAボタンではなくSTARTボタンで起動するならヘッダ無しでOK。（DEMOモード？）
普通の感覚だとAボタンを押してしまう（と思う）ので、ブートローダを付けると親切だと思います。
私は、pepsiman-m3powerloader-20060117.binを使っています。

ブートローダ不要、ファイル名可変なアダプタ。
・MaxMediaLauncherCF
・EZ-Flash4（MiniSDもMicroSDも一緒？）
・Ewin2MicroSD
・MagicKey2/3
後発のアダプタはみんな大丈夫なんですよね。

生ROMイメージだけ配布して、ヘッダはユーザ各位勝手に自分用のを付けてくれってもアリだと思います。
ちなみに、ディスクアクセス方法は、物の見事に全部違います。まったく共通性がありません。少しは(ry