やはり現状はzibunさんの戦闘システム実装待ち、ってとこなんですかね。
改造システムは戦闘パートに直接関連するから一時保留として
それと切り離して考えれるものは、

システム関連
A-1 ギルドのクエスト受諾についてのシステム考察
A-2 ストーリー進行の考察（年数のシステムや、フラグ立ての概要についても）

シナリオ
B-1 クエスト案(とにかくいっぱい必要)
B-2 既存クエストについての考察(疑問点、改善案などの提案)
B-3 シナリオ分岐についての考察(明確な線引きは必要か)
B-4 エンディングについての考察(どれほどの量にするか、どのようなパターンがあるか)

世界観
C-1 キャラクター及びロボ設定(ガンガン追加すべき。他に既存キャラ、既存ロボの掘り下げも)
C-2 世界情勢の考察(中立国商会とギルドの関係などは追加すべきか)
C-3 その他、細かい世界観考察(産業技術など細かい設定、後回しでも良いか)

思いつくまま書いてみましたが、追加や既に解決されてる問題などなかったでしょうか。