ファイル管理くらいならできるってのが謙遜じゃないなら、
BSDでしか動かないってのはマズいと思う。
何かサーバソフト(ライブラリとか)入れる時に、BSDでうまく動かなかったらどうするんだ？
自力で解決できるのか？ 教えてくれる人がいるのか？
安定以外にBSDの理由が無ければ、参考書・参考サイトも利用者も多いLinuxが無難。

素人だけど、どーしてもBSDでやりたいってなら、ちょっとだけ注意して作れば
BSDでもLinuxでもCygwinでも動くように出来るから、時々Cygwinで動作確認して
マルチプラットフォームを目指すのが良いと思う。

Cygwinってのは、「Windows上で動くLinuxエミュレータだよー」って説明して
感覚的にはそうかもしんないけど根本的に違うんじゃ、って突っ込まれるアレね。
知らんかったらググってみ。