とりあえず選択肢やら分岐は、後からでも付けられますから。

ヒロインのEND分岐（トゥルーorバッド）ですが、
とりあえず選択肢での単純な二分岐で良いんでは。

まだ他２キャラEDへの分岐も無いようですし。
考えられるとすれば

１．ときめものような、好感度による分岐
　　星逢、神楽、相沢それぞれ以下のような好感度変数を用意。

%hoshiai-kou
%kagura-kou
%aizawa-kou

　そして選択肢を3つづず程用意し、順次代入。最後の最後で評価。
　同数値になったら、プレイヤーが選択出来るようにでもしておくとか。


２．ルート分岐
　共通ルート→ある選択肢によって分岐（誰と〜みたいな）する。単純明快。

あとはアイテム分岐やら複合型とかもありますが、そこまで複雑にする必要も無いでしょう。