そういうツールをちゃちゃっと作るならスクリプト言語が楽でいいぞ。
例えばperlで>>948のCSVをバイナリ化するならこう書ける。

open(IN, 'map.txt');
while (<IN>) {
　chomp($_);
　my @linedata = split(/,/, $_);
　foreach my $data (@linedata) {
　　$out .= pack("s", int($data));
　}
}
close(IN);
open(OUT, '>map.dat');
binmode OUT;
print OUT $out;
close(OUT);