【３（仮）について】
プレイしてみて思ったのですが、音の演出がとても素晴らしい。
音なしではクロックタワーは成り立たないでしょう。

グラフィック面については、やはり３Ｄが妥当かと思われます。
２Ｄの場合全ての場面を一枚一枚描かなくてはいけないので、
３Ｄのように違う角度から見たりするという表現がしづらくなります。
例えば、アイテム入手の時の細かい挙動やドアの開閉パニック状態の動作など。
具体的に言えば30fpsで画面を描写するとして１秒間の表現に３０枚分絵を描かなくてはいけないのです。
極端な話「ＧＩＦアニメでクロックタワーと同じ見た目のものを作れ」というのと同じです。
クロックタワーのシステムを再現したいなら、２Ｄは非現実的だと思います。

「とりあえずクロックタワーっぽいものを作りたい」というなら妥協しまくって２Ｄでも構いませんが、
私はクロックタワーと名の付く物を作るならば、どこから見てもクロックタワーと言えるようなものを作りたいのです。
ようするに例え完成する確率が低くとも質の良い物を作りたいと。
そういうわけです。