どうも私のプラグインが原因になっているようですね。
想作館のプラグイン拡張パック対応版をインストールしているFreeTrainに応急処置的に通常版（拡張パック非対応）
を共存させるには以下の方法で可能です。

1)　通常版を直接インストールせずに他の場所に解凍する。
2)　中のプラグイン「jp.ne.seikyou.Go-Ro.structure」「jp.ne.seikyou.Go-Ro.structure.dependon」の名前を
別の名前（「#jp.ne.seikyou.Go-Ro.structure」「#jp.ne.seikyou.Go-Ro.structure.dependon」等）に変更する。
3)　この2つのプラグインの中にあるplugin.xmlをメモ帳で開き編集→置換を選択し『"picture" id="{』を『"picture" id="{#』に、
『picture ref="{』を『picture ref="{#』にすべて置換する。（『』の中身のみ。#の部分は他の文字でも可能。）
4)　手順3)まで行なった2つのプラグインをFreeTrainのpluginsフォルダに入れる。

これで同じ建物が2重で登録される状態にはなりますが一応共存できます。

うーむ、うまく拡張パック対応に移行したつもりだったのにな・・・。
どうも失礼しました。