JREディレクトリそのままこぴ
そしてそのjavaw.exeを使うように相対パスでbatかｅｘｅつくるだけ
JREは相対パスで各種ライブラリを使うから
ちなみになにをはずして追加できるなどはドキュメントに書いてあるからそれを参考に
わからないのならそのまま、せいぜいWebStartをはずすくらいかと

Win以外でJavaつかってるならJREがたんなるファイルの集まりに過ぎないことを
知ってると思うけどね

.NETのほうもおなじようにできればいいのだけれども、いまのところ無理