>>92で出てるメガテンifみたいに大きく3つぐらいのシナリオに分れるってのは良さげ
あとお互いのシナリオがそれぞれ影響与えあうってのはどうよ？

例えば1週目だとどのルートにも取り返しの付かない主要キャラの死亡や災害が発生しつつ
その後の世界でなんとか事態の収束を目指すルート

2週目はそれらを未然に阻止しながら真エンンディングを目指すルート
当然1週目では入れないダンジョンがある(１週目で死ぬキャラが居ないと入れないとか)

アイテムもAルートだと単なる最強武器がBルートで必要なイベントアイテムだったりして
何も考えずにアイテム回収するとノーマルエンド確定とか