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セーブデータは、テキストファイルのほうが使いやすいと思いますが、テキストファイルを圧縮なり暗号化すればいいわけで。
一番楽で効果的な方法を行った方が良いと思います。
セーブデータを、他の環境でも使えるように、っていうのはそれほど重要度が高いわけではないと思います。
やはり、Windows<->Mac<->Linuxという風にデータ交換するのは面倒なんで、全部同じ環境で動くことを前提としていても問題ないはずです。

私は、Windows以外は使ってないんでそれほど必要としてないですが面白そうなんで色々と応援はします。
まずは、実際に動くモノを作ってみないと進まないと思うんでガリガリ書いてください。
コスモスの空にのクローンプレイヤーが、WindowsとLinuxの両方に対応していたような。
参考にしてみてはいかがですか？SDL使ってはいないみたいですがＣ言語製ですし、結構参考になるはず。
参考ＨＰ：　ttp://www.cug.net/~manuke/chaos.html

昨日書き込みしようと思ったんですが、「もうちょっと待って書き込みしてください」といつも出るんで困った。
同じ収容局に嵐でもいたのかなあ？地元に嵐がいるのは嫌だなあ。