はげしくガイシュツだろうが
　
GPLソフトウェアをカスタマイズして、ある作業工程の一部を
担わせたいとする。GPLソフトウェアは他のクローズドなソフトウェア
とは別プロセスで動き、入出力の仕様はオープンに、単独でも汎用性の
あるものとして仕上げる。
　
クローズドなソフトウェアとの連携はプロセス間通信(例えばパイプ)や
ソケットで。
　
少なくとも、これらの使い方であれば感染に怯えることはない
と思うなり。