「GPL」はあくまで「著作権法」の範疇です。
そのため、お互い矛盾したケースが発生した場合は、「著作権法」に
記述されていることが優先されます。
GPLソースを個人が勝手に改造し、個人内で使用しても、再配布義務が
発生しないのもそのためです。既存の著作権法が優先で適用されるのです。

ただ、社内で共有非公開で運営するのは灰色でもなんでもなく黒です。
その理屈を適用すればIBMやSUNなど、大企業での非公開運営を肯定する
ことになります。

非公開にしたい理由が貴方の職場にあるのなら、今すぐGPL関連ソフトの
利用を完全に止めるべきです。