使う側（プログラマ）からすると変なフィルタかけてないデータがいいだろ。
悪戯にデータサイズが増えるわ、実行時にゃ実機のパレット数占有するわ、
背景とのバランスをみながら画面に動的なエフェクト入れるとき等
余計な苦労が発生しそうだ。
ドット絵単品で完成なら好きにやれば良いが、もし実用データなら
そういうことも気にしてもらったほうがいい。