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boostのスマートポインタ:
標準的。やね氏が死んだり病気になったりしても、保守がとまることは
ないだろう。ユーザも多いし導入の参考になる資料も多い。

まあ、特別boostのスマートポインタでなければならない理由が
無いなら、STLのauto_ptrとかのほうがメジャー度では上な気も?

yaneSDK(全般):
やね氏以外に商用開発に使っている例を俺は知らない。
が、本人が単体のプログラムとして使っている分には優秀。
エロゲ用途に特化したオープンなSDKは珍しいので、部分的に
参考資料として使うには貴重だが、フレームワークとしてこれを
利用するということは技術ベースをすべてやね氏個人に依存する
ということであり、仕事でやるのは怖すぎる。

yaneSDKのスマートポインタ:
スマートポインタとしてはもちろんboostとは比べ物にならない
ほどマイナーなローカル実装なので、敢えて使う気にはならない。