BMP画像を
getImagePixelで読み取り、
putImagePixelで0と1の配列に書き出す。
↓
0と１の配列が出来上がる。
↓
地形を変形させたいので、
fillCirkleでBMP画像に円を描く
↓
BMP画像は変形したが、この状態ではまだ0と1の配列はさっきと同じ状況。
↓
getImagePixelで読み取り、
putImagePixelで0と1の配列に書き出す。
↓
変形後の0と１の配列が出来上がる。

じゃないの？