>座標を変えても同じ頂点情報の並びになるようなモデリングソフトを誰か知りませんか？

市販の３Ｄソフトならだいたい出来ると思うけど。
使った事ないけどフリーならMikotoってのもあるが。
http://www2.nbn.ne.jp/~you-ri/cgi-bin/?11271800
http://niigata.cool.ne.jp/cyphers/tuft/miko/

それより頂点列の並びが変わるってのは元データを
少しいじってＸファイルにしても元データと並びが
変わってるの？普通あまりありえんと思うけど。