どうしてもmakefile配布したくないの？目的と手段が逆転してない？

どうしてもってなら、最初からmakefileをつくらない。
＞極端な例だと手動でコンパイル&インストールする手順をreadmeに書いておくとか。
自分もそれでやってるならそれでいいと思うけど、makefileがあるのに配布しないのは、
たとえばれなくても明らかにライセンス違反だから、そのつもりで。

makefileを激しく環境依存にしておくのもいいかもね。
誰も使ったことが無いようなスクリプト言語で書いておくとか。