SDL_Surface は思ったより込み入った作りをしてる上に
適当に扱ってもそこそこ動いてしまうことが多いから、
仕様を厳密に守ってるライブラリは少ないよ。

http://www.ferzkopp.net/~aschiffler/Software/SDL_gfx-2.0/
こっち使ってみたらどうかな。
ちょっと前にソースを覗いたときはまだ不完全な実装してたから、
透明色周りの処理全部がちゃんとしてるかどうかはわからないけど。