>>609
「アルファフラグを書き戻す」ってのがどういう行為を指してるのかちょっとよくわからなかったんだが、
SDL_ttf の Blended 系では、
・フォントを描画した Surface を返す
・階調的なアルファブレンドも行う
という二つの条件を満たすために
返した Surface の中にアルファチャンネルを含めてある。

で、新しいサーフェスに Blit したりして
サーフェスをいくつもまたぐ時に問題になってくるのがこれ。
http://zinnia.dyndns.org/~cvsweb/sdldoc-jp/sdlblitsurface.html
> blit 操作の結果は SDL_SRCAPLHA がセットされているか否かによって大きく変化します。
> これがどのように結果に影響するかについては、 SDL_SetAlpha を見て下さい。

ここら辺をちゃんと設定してなかったんでないかい？
ちょっと情報が少ないから推測でもの言ってるが。

ところで、最初に提供してもらった情報が少なかったとはいえ、
この条件下なら確かに混乱して質問してもおかしくないわな。
キツい言い方して悪かった。