色々アドバイスありがとうございます。

その後、いわゆるありがちな古代文明の遺産が絡んでくる話、と見せかけて、
実は黒幕の正体は幻術使いで、その真相は平凡な事件、
という筋書きにすれば、全ての矛盾と多くの問題点を解決できることに気がつき、
夢中でプロットを書き上げたのですが、ふと、

足に地のつかない導入、盛り下がり続ける展開、
ひょっとしてどうしようもないダメシナリオなのでは？
と我に返り、激しく欝。

いや、トリックと謎解きに凝って、
「金田一少年の事件簿」のようなミステリ仕立てにすれば、
そういう筋書きでも面白くなるかも知れませんが、目指していた内容と何か違うし。