自分なりに纏めさせてもらうと、納得した意見と自説を箇条書きにしたものを踏まえて、
・プレイヤーの性質をＮＰＣに持たせるには、自らの内面を観察すると良い。
・ＮＰＣの葛藤をシナ内でおっぴろげる必要はこれっぽっちも無い
・NPCの書き込みは、選択肢の先にあってこそ効果を発揮する
・悪役は悪に徹するべき
・悪や滅びの美学も共感される一部分ではないか。
・感情移入されるキャラクターは主役だけでないと持たない
こんな前提が得られる。

NPC萌えを使ったシナリオを作るなら、分岐型にすることが第一だと思う。
メインストーリーはやはり地味な汎作が望ましい。
サイドストーリーとしてNPCを描いておき、街シナリオ的な構成をする。
CWでの依頼解決のお約束から、メインの障害となるNPC（またはモンスター）は
非人間的で良い。
こんなシナリオ像。

考え直した結論は↓
NPCへの共感は魅力的な要素だけど、汎作では主題としては扱えない。
共存させるなら分岐の多い大作へと向かう。
分岐させずに作るならプライベート向きか。

俺もＶＮ耐えられない人なんで、この結論はありがたい。
ただ、ＶＮ作者へのアドバイスが
「共感狙うのは良いけど、最低１キャラ１エンディングには分岐させてね。
後味が悪くならないよう、殴られる邪悪なだけのモンスターも登場させてね。
NPCシナはマルチエンディングの大作か念仏かの二択だから。まあ頑張って」
となってしまうのは少し可愛そう。でも一面の真理だと思う。
その上で、大作やプライベートシナで魅力的なＮＰＣに出会うとしたら、
そこには共感を見出したいと思う。ﾄｼﾞｺﾁｭｳﾆﾏﾄﾒﾃﾐﾙﾃｽﾄ。