WebStartは

・ブラウザを閉じても起動したままで終了処理とか管理が楽
・JNLPAPIでローカルの資源を（デフォで警告は出るが）比較的危険のない範囲で使える
・キャッシュ処理によりアプレットのように毎回ロードしない
・細かいVMのバージョンチェックが可能
・2回目からはデスクトップやランチャーのショートカットでブラウザに関係なく起動できる

質問の意味がちょっとわからないが
URLClassLoaderを勉強するといい

これを使えばスタンドアロンのJavaアプリケーションでもバージョン管理とかが可能
これで俺はシステムたくさん組んでいる

ゲームでもjarファイルを別管理することによりゲーム本体と拡張部分を分けて管理が可能
RPGならソーサリアンとかのシステムとシナリオを分けるとかSTGだとコアと面データを分けるとか