バイナリ形式で保存してみたら？
struct {
...
} CData;
CData data;
fwrite(fp, &data, sizeof(CData)); // 多分
バイナリエディタで読み込まれたら終わりだけど★
まあ、公開鍵暗号を使わないと、理論的に完璧な暗号化は無理だし〜
こんなんでいいんとちゃう？