皆さんありがとうございます。
ようやく見つけました・・・。初期化の際、マルチサンプリングタイプを、
D3DMULTISAMPLE_2_SAMPLES　にするとこの現象が起きるようです。
D3DMULTISAMPLE_NONE　にしたらあっさり直りました。
でも理由が分かりません。
D3DMULTISAMPLE_2_SAMPLES　はフルスクリーン・エッジアンチエイリアスを
使うために設定が必要だったんですが、もし分かる方いたら説明して頂きたいです。
共存はできないんでしょうか。