CYGWIN用C#コンパイラできました。結果報告。
・普通にC#コンパイラとして使えました。（EXE出力）
・JavaVMアセンブリソースのはきだし方。
%cscc -mjvm -S source.cs
この出力結果から、.classができるかどうかは、まだわかりません。