今回以下でやってまあまあ満足のいく出来になりました。
(本棚ではなく軽い物置き用の棚ですが)

・上の板には、使うスリムスレッドの呼び径3.5mmより7mm大きい4.2mmのバカ穴開ける
・下の材には下穴なし
・下の材に木工用ボンド塗って、上の材を重ねる
・位置調整してスレッドを玄翁でこつり
・電動ドライバーで頭つかないところまでしめる
・位置調整と手回しドライバーで少し締め込むのを繰り返す

スレッドで位置ぎめするというより
摩擦力で位置ぎめするといういめーじです。
いままで電動ドライバーで一気に締め込んでたのが一番の原因だとおもいます。

最後の位置調整のときは、バカ穴に余裕がないとだめそうでした。
なのでギリギリの穴ではだめだったと思います。

スレお騒がせして申し訳ありません。
ありがとうございました。