臭い消しには、生のごぼうの皮を削いで、5.6cmに切ったものを3本位入れておくと臭いを吸着してくれるらしい。

( ぬか床には関係ないが、生活の知恵として生ゴミの臭い匂いはごぼうのあく抜きした汁をかけると良いという話も有る。)

食べる目的でごぼうを入れる場合は、茹でてあく抜きしてから漬ける。というのが一般的だが、あく抜きしないでも良いとクックパッドに書いてある。
http://cookpad.com/recipe/1168817
これだと一石二鳥