・動物性の食品(特に生肉系)を漬け込んだ後のぬか床は
雑菌(カンピロバクター菌)繁殖の恐れがありますから、再使用せず廃棄して下さいな。

これは糠床に漬けるというより糠床の糠を塗りつけてラップで包んで冷蔵庫で保管の方が良いだろ。
いちいち全部廃棄するのはもったいない。